La Direction de l’Archéologie a pour mission de réaliser l’ensemble de la chaîne opératoire de l’archéologie du diagnostic à la valorisation des découvertes. Elle mène des projets de recherche et diffuse les connaissances notamment grâce aux expositions temporaires présentées à la Maison de l’Archéologie et sur les territoires. Elle réunit une équipe pluridisciplinaire d’une trentaine d’agents.

Elle est structurée en 2 services :
- le service d’archéologie préventive réalise les étapes du terrain à la publication : diagnostic, fouille, études en laboratoire et participe à la diffusion des découvertes.
- le service de la conservation et des publics a pour mission de conserver sur le long terme les objets archéologiques collectés lors des opérations archéologiques ainsi que la documentation scientifique associée, d’en faciliter la connaissance et l’accès et d’en assurer la transmission à l’ensemble des publics. Les collections sont mises à disposition des chercheurs et valorisées lors de projet de médiation. Le Centre de conservation et d’étude archéologiques du Pas-de-Calais est conventionné avec l’État. L’équipe de médiation archéologique valorise le patrimoine archéologique et sensibilise les publics aux recherches archéologiques dans le Pas-de-Calais. Les médiateurs interviennent à la Maison de l’Archéologie, sur les sites archéologiques ainsi qu’en itinérance dans les collèges et lieux culturels. En partenariat avec d’autres institutions, ils développent des projets pour les publics spécifiques.

La Direction de l’Archéologie occupe la Maison de l’Archéologie qui regroupe les bureaux de la direction, le Centre de conservation et d’étude archéologiques ainsi qu’une salle d’exposition et un espace pédagogique ouverts au public.