Le service de médecine préventive a pour mission d'éviter toute altération de l'état de santé des agents du fait de leur travail, notamment en surveillant leur état de santé, les conditions d'hygiène du travail ainsi que les risques de contagion (art. L. 812-4 code général de la fonction publique).
Il est consulté par l'autorité territoriale sur les mesures de nature à améliorer l'hygiène générale des locaux, la prévention des accidents et des maladies professionnelles et l'éducation sanitaire (art. L. 812-5 code général de la fonction publique).
Le médecin du travail exerce son activité en toute indépendance, dans le respect des dispositions du code de la santé publique ; il agit uniquement dans l’intérêt de la santé et de la sécurité des agents dont il assure la surveillance médicale (art. 11-2 décr. n°85-603 du 10 juin 1985).
Le médecin du travail doit consacrer à ses missions au moins (article 11-1 décret n°85-603 du 10 juin 1985) :
• une heure par mois pour 20 agents
• une heure par mois pour 10 agents appartenant aux catégories qui doivent faire l’objet d’une surveillance particulière (personnes en situation de handicap ; femmes enceintes, venant d'accoucher ou allaitantes ; agents réintégrés après un CLM ou un CLD ; agents en poste dans un service comportant des risques spéciaux ; agents souffrant de pathologies particulières).

Il doit consacrer à sa mission en milieu de travail au moins le tiers du temps dont il dispose (art. 19-1 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Les membres de l'équipe pluridisciplinaire participent aux actions sur le milieu de travail. Tous ont libre accès aux lieux et aux locaux de travail (art. 19-1 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Le service de médecine préventive établit chaque année un rapport d'activité. Il le transmet à l'autorité territoriale, à la formation spécialisée ou, à défaut, au comité social territorial, ainsi qu’au centre de gestion (article 26 décret. n°85-603 du 10 juin 1985).


Les professionnels de santé au travail peuvent recourir pour l'exercice de leurs missions à des pratiques médicales à distance, dans le respect de la confidentialité. L'agent en est préalablement informé et son consentement doit être recueilli par écrit (article 11, II décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Le médecin du travail doit évaluer l'opportunité de la téléconsultation en médecine du travail, notamment au regard du motif de la visite, des moyens du service et du poste d'affectation de l'agent (art. 11, II décret n°85-603 du 10 juin 1985).

Enfin, le médecin du travail doit signaler par écrit à l'autorité territoriale les risques pour la santé des agents qu'il constate et qui sont en rapport avec le milieu de travail (art. 14-3 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Le service de médecine préventive est consulté sur les projets de construction ou aménagements importants des bâtiments administratifs et techniques, sur les projets de modification des équipements, sur les projets liés aux nouvelles technologies.
Il peut procéder à des études et soumettre des propositions (art. 16 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Il formule des propositions sur l'accessibilité des locaux aux agents handicapés (art. 16 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Il participe aux études et enquêtes épidémiologiques (art. 19 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Le médecin du travail informe l'administration de tout risque d'épidémie, dans le respect du secret médical (art. 22 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Le médecin du travail assiste de plein droit aux séances de la formation spécialisée en matière de santé, de sécurité et des conditions de travail ou, à défaut, le comité social territorial, avec voix consultative (art. 14-2 décret n°85-603 du 10 juin 1985).
Le service de médecine préventive est informé par l’autorité territoriale, dans les plus brefs délais, de chaque accident de service et de chaque maladie professionnelle ou à caractère professionnel (art. 25 décret. n°85-603 du 10 juin 1985).